突击编队：指挥官为南云忠一海军中将。
空袭部队：指挥官为南云忠一海军中将，包括“赤城”号、“加贺”号、“苍龙”号、“飞龙”号、翔鹤号
瑞鹤号共六艘航母，任务就是出动舰载机攻击停泊在珍珠港的美军战列舰和航母。
警戒部队：指挥官为第一驱逐舰战队司令大森仙太郎海军少将，编有“阿武隅”号轻巡洋舰和“谷风”号、“浦风”号、“滨风”号、“矶风”号、“不知火”号、“霞”号、“霰”号、“阳炎”号和“秋云”号九艘驱逐舰，负责为空袭部队和补给部队提供警戒。
支援部队：指挥官为第三战队司令三川军一海军中将，编有“比睿”号、“雾岛”号两艘战列舰和“利根”号、“筑摩”号两艘重巡洋舰，负责为空袭部队提供支援，主要是对付美军的大型水面军舰。
巡逻部队：指挥官为第二潜艇大队司令今和泉喜海军大佐，由“伊—19”号、“伊—21”号和“伊—23”号三艘潜艇组成，在编队航线前方航行，担负侦察警戒。
中途岛破袭部队：指挥官为第七驱逐舰大队司令小西要人海军大佐，由“潮”号、“涟”号两艘驱逐舰和“尻矢”号补给舰组成，任务是炮击中途岛牵制美军。
补给部队：由“极地丸”、“极东”丸、“健洋”丸、“国洋”丸、“神国”丸、“东邦”丸、“东荣”丸和“日本”丸等七艘油船组成，负责为编队进行海上加油。
先遣编队：挥官为第六舰队司令清水光美海军中将
第一潜艇部队：指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将，下辖“伊—9”号、“伊—15”号、“伊—17”号、和“伊—25”号四艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。第二潜艇部队：指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将，下辖“伊—1”号、“伊—2”号、“伊—3”号、“伊—4”号、“伊—5”号、“伊—6”号和“伊—7”号七艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队：指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将，下辖“伊—8”号、“伊—68”号、“伊—69”号、“伊—70”号、“伊—71”号、“伊—72”号、“伊—73”号、“伊—74”号、“伊—75”号九艘潜艇，在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队：指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐，下辖“伊—16”号、“伊—18”号、“伊—20”号、“伊—22”号和“伊—24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下发射鱼雷进行攻击。
要地侦察部队：由两艘潜艇组成，“伊—10”号侦察斐济、萨摩亚群岛，“伊—26”号侦察阿留申群岛。
补给部队：由“隐户丸”、“东亚丸”、“新玉丸”、“第二天洋丸”、“日立丸”、“富士山丸”六艘油船组成，部署在本土和夸贾林群岛，为先遣部队的潜艇提供燃油补给。